Model 3.0R spec.B wyposażony jest w 6-cio biegową skrzynię manualną, która jest skonfigurowana tak, aby uzyskać najlepsze przełożenia dla optymalnej jazdy sportowej. Modele z silnikami 2.5- i 2.0-litrowymi wyposażono w 5-cio biegową skrzynię manualną. Obie skrzynie biegów wyposażono w centralny mechanizm różnicowy AWD z ograniczającym poślizg międzyosiowy sprzęgłem wiskotycznym. Zapewnia to stabilność, dzięki wykorzystaniu trakcji z momentu obrotowego 50/50 równo rozłożonego na przednie i tylne koła. Jeśli jednak warunki trakcji zmieniają się, rozłożenie momentu obrotowego na przednie i tylne koła zostaje odpowiednio dostosowane. 5-cio biegowa skrzynia w modelach z silnikiem wysokoprężnym zapewnia płynność przy zmianie biegów, a odpowiednio dostosowane przełożenia gwarantują dużą elastyczność jazdy. Modele kombi z silnikami benzynowymi i skrzynią 5-cio biegową wyposażono w dodatkowe przełożenia redukcyjne, znacznie ułatwiające jazdę po drogach nieutwardzonych, czy też holowanie ciężkiej przyczepy. Dodatkową gwarancją jest system kontroli trakcji i stabilizacji toru jazdy*1, który pomaga opanować Legacy w sytuacjach ekstremalnych.